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广东，倭寇的声势依然很大。跟福建一样，主要的原因是沿海人民生活困苦。“海滨之民，疲弊甚矣！官司之所困，征役之所穷，富豪之所侵，债负之所折，怨入骨髓。”嘉靖四十年的广东巡抚潘季驯说：“岭表去京师绝远，比年牧民者视为利薮，屠剥万状，而小民仰九重如在云霄之上，愁苦之声无路上达，故相聚为盗。”
哪里有压迫，哪里就有反抗。压迫越厉害，反抗就越激烈。因此广东的战争规模在东南四司中最大、持续时间最久、战况也最惨烈。
广东倭寇的首领，和福建一样，多出自穷人。老牌的饶平黄冈人许栋是从从小开始就做了海盗，极具海盗“经验”；他的养子许朝光也同样从小就做了海盗；曾一本是盗墓人出身；澄海的林道乾曾是吏员，算是他们中比较有文化的人。
不过广东的倭寇当中最厉害的当属吴平。吴平，年少时当过富贵人家的佣人奴才，因为不堪忍受雇主婆的虐待，逃出来后转行做了盗贼。后来加入倭寇队伍为别哨。等到倭寇被消灭的时候，吴平统帅那些流亡的倭寇，劫掠广东地区。吴平吸纳被明军击败的流散倭寇，势力越来越大，拥有军事力量约两万人，加之其人短小精悍，甚有智谋，所以当时许朝光、林道乾、曾一本等海寇集团都很推崇吴平，“平亦偃然居群贼上”，成为当时闽广海寇集团的总首领。
不过这广东的抗倭局势，一开始和我们的戚继光同志那是没有半毛钱的关系，除了最后打击广东的寇首吴平的那一战，其它的抗击倭寇的战争都是俞大猷发起的。
要说这戚大将军入广东抗倭的背景啊，就不得不说当时广东的抗倭局势。
俞大猷改任广东总兵时，潮州倭寇号称二万，与大海盗吴平互为犄角。俞大猷认为急攻没有胜利的把握，于是招降吴平。吴平假意投降，向俞大猷下跪哭泣，装作很诚恳的样子。这大猷将军一高兴了，就将他安置在梅岭。
尽管后来吴平又造反了，但他的行为给起义军带来很大损失。当时蓝松三、伍端、温七、叶丹楼等在惠州、潮州间活动。福建的程绍录在延平，梁道辉在汀州与他们彼此接应。
俞大猷已经有了常胜的威名，而且吴平又已经投降，他便自信的单骑入绍禄营劝降，并命令道辉一同返回故乡，这两人出于恐惧接受了命令，但很快被埋伏好了的官军杀死。
广东方面，伍端、温七的义军击败了惠州参将谢敕。但他们听说“俞家军”来了，十分害怕，伍端竟自己逃跑了。不久，俞军来到，击败温七并抓住了他。伍端估计无法逃脱，自缚乞降，提出愿意杀倭自效。
这俞大猷一想啊，有白送的苦力啊，不用白不用，于是乎，这大猷同志便驱使伍端同志的战士为前驱，官军在后督战，围攻其他倭寇于邹塘，一日一夜就攻破了三个营盘，杀死四百多人。后来他们又在惠州海丰打胜了一仗。
倭寇都逃往崎沙、甲子等峡湾，抢夺渔船出海，不幸遇到大风，小船大量沉没，只剩下二千余人，回来在海丰金锡都驻守。大猷包围他们两个月，造成粮食枯竭，倭寇只能撤退。途中遭到早已埋伏好的副将汤克宽截击，大败。克宽亲手阵斩他们的三名头目。很快参将王诏等的军队也相继赶到，倭寇大溃败，死亡一千二百多人，逃到潮州去了。就这样，他们的恐惧帮助俞大猷获得了战斗中得不到的东西。
后来，大埔的兰松山、余大春等聚众数千人，在福建漳州、延平、兴化、泉州一带活动，被官军击败。转进到永春，与山民苏阿普、范继祖等部联合，转战漳平、龙岩等地。南赣巡抚吴百鹏停止军事行动，假装要招安他们。乘义军懈怠，率兵急袭，使他们遭到了歼灭性的失败，余大春、兰松山、范继祖等都被俘虏，只有苏阿普逃脱。
战争进行到这个时候，可以说倭寇已经陷入绝境，他们在战略上已不可能打开局面，而战术上的优势又丧失殆尽，几乎每战必败。除了有经验的海盗还能借大海活动以外，陆上战争的结束，已成定局。因为胡宗宪已经被撤职，因此俞大猷、戚继光都想在自己的手里，以光荣的胜利结束战争。
于是乎，在最后的这一时刻，两人争执不下，最后还是嘉靖皇帝大手一挥，这两个大刽子手进入广东，战争进入了最后阶段。
抗倭的最后时刻，一五六四年，因为没有粮食的供给，徐永泰率领柘林水兵四百人发动兵变。他们与义军联合，进逼广州。前来镇压的冠军被击败。提督两广侍郎吴桂芳以招抚为幌子，暗中调集舰队，带着副将汤克宽、参将门崇文在惠阳击败了他们，但变兵余部仍凭借大船继续抵抗。
这时澳门的葡萄牙人一见到有便宜可以占，连忙提出可以参与明军的镇压，俞大猷同意了——尽管他一开始就没打算代葡萄牙人转达进行朝贡贸易的请求。于是官军与在迪奥戈？佩雷拉率领下的三百名葡萄牙人及其两艘船舰，在三门海消灭了变兵。事后明朝赠送了一些礼物，葡萄牙人在澳门的居留权也得到了默认。
十二月，南韶山民马五起义，在乳源、江湾等地击败官军，俘虏并杀死了守备贺铎、指挥蔡允元等明官吏，这是战争后期罕见的胜利。就这样结束了一五六四年的战局。
第二年年初，也就是抗击倭寇的倒数第二年，一五六五年，倭寇在浙江温州、台州一带活动，被官军击败。从海上去往福建。四月，攻击福宁。戚继光率参将李超等率水陆军反击。杀死二百余人，追击到永宁，又杀死三百多。