108（114）鼹鼠星人之谜事件（后篇）◆

109（115）侦探团大追击事件◆

110（116）烹饪教室杀人事件（前篇）◆

111（117）烹饪教室杀人事件（后篇）◆

112（118）帝丹小学七大离奇事件

113（119）白色海滩杀人事件◆（注：该集根据漫画《名侦探柯南特别篇》第1卷改编，并非青山刚昌的原作）

114（120）有氧潜水杀人事件（前篇）

115（121）有氧潜水杀人事件（后篇）

116（122）推理小说家失踪事件（前篇）

117（123）推理小说家失踪事件（后篇）X

118（124~125）浪花连续杀人事件★X

119（126）假面超人杀人事件◆

120（127）蜜蜂鸡尾酒杀人事件◆

121（128）浴室密室事件（前篇）

122（129）浴室密室事件（后篇）

123（130）天气预报小姐绑架事件◆

124（131）神秘的狙击者杀人事件（前篇）◆

125（132）神秘的狙击者杀人事件（后篇）◆

126（133）旅行剧团杀人事件（前篇）◆

127（134）旅行剧团杀人事件（后篇）◆

128（135）黑衣组织10亿元抢劫事件◆B（注：部分情节来自漫画第2卷，但主体案件为原创）

@1999年（129~173）

129（136~139）来自黑衣组织的女子大学教授杀人事件★B

130（140）竞技场无差别胁迫事件（前篇）

131（141）竞技场无差别胁迫事件（后篇）

132（142）魔术爱好者杀人事件（事件篇）K

133（143）魔术爱好者杀人事件（疑惑篇）K

134（144）魔术爱好者杀人事件（解决篇）K

135（145）消失的凶器搜索事件◆

136（146）蓝色古堡探索事件（前篇）

137（147）蓝色古堡探索事件（后篇）

138（148）最终播映杀人事件（前篇）

139（149）最终播映杀人事件（后篇）

140（150）SOS！步美传达的讯息◆

141（151）结婚前夕密室事件（前篇）X

142（152）结婚前夕密室事件（后篇）X

143（153）疑惑的天体观测◆

144（154）上野出发的北斗星3号（前篇）

145（155）上野出发的北斗星3号（后篇）

146（156）本厅刑事恋爱物语（前篇）

147（157）本厅刑事恋爱物语（后篇）

148（158）路上电车紧急刹车事件◆

149（159）游乐园高空弹跳事件◆

150（160）汽车爆炸事件的真相（前篇）◆

151（161）汽车爆炸事件的真相（后篇）◆

152（162）神秘老人失踪事件◆

153（163）园子危险的夏日物语（前篇）

154（164）园子危险的夏日物语（后篇）

155（165）水中钥匙密室事件◆

156（166）本厅刑事恋爱物语2（前篇）

157（167）本厅刑事恋爱物语2（后篇）

158（168）沉默的环状线◆

159（169）诡异的五重塔传说（前篇）◆

160（170）诡异的五重塔传说（后篇）◆

161（171）流经流水亭的杀机◆

162（172~173）飞天密室工藤新一最初的事件★S

163（174）月亮、星星与太阳的秘密（前篇）

164（175）月亮、星星与太阳的秘密（后篇）

165（176）少年侦探队消失事件◆

166（177）鸟取县蜘蛛公馆的怪事（事件篇）X

167（178）鸟取县蜘蛛公馆的怪事（疑惑篇）X

168（179）鸟取县蜘蛛公馆的怪事（解决篇）X

169（180）维纳斯之吻◆

170（181）黑暗中的死角（前篇）

171（182）黑暗中的死角（后篇）

172（183）复活的死亡讯息（前篇）

173（184)复活的死亡讯息（后篇）

@2000年（174~218）

174（185~188）二十年的杀意新佛尼号连续杀人事件★X

175（189）惨遭四次杀害的男子◆

176（190）与黑衣组织的再会（灰原篇）B

177（191）与黑衣组织的再会（柯南篇）B

178（192）与黑衣组织的再会（解决篇）B

179（193）咖啡厅卡车撞入事件◆

180（194）红色杀机的夜想曲（前篇）◆

181（195）红色杀机的夜想曲（后篇）◆

182（196）九道门大搜查◆

183（197）危险的食谱◆

184（198~199）诅咒假面的冷笑★◆

185（200）名侦探遇害记（前篇）◆

186（201）名侦探遇害记（后篇）◆

187（202）黑暗中传来的神秘枪响◆

188（203）危命的复活洞窟中的侦探团

189（204）危命的复活负伤的名侦探X

190（205）危命的复活第三种选择X

191（206）危命的复活黑衣骑士S/X

192（207）危命的复活新一回来了S/X

193（208）危命的复活约定的场所S

194（209）意味深长的八音盒（前篇）

195（210）意味深长的八音盒（后篇）

196（211）看不见的凶器小兰的初次推理◆

197（212）超级跑车的陷阱（前篇）◆

198（213）超级跑车的陷阱（后篇）◆

199（214）嫌疑犯毛利小五郎（前篇）

200（215）嫌疑犯毛利小五郎（后篇）

201（216）第十位乘客（前篇）◆

202（217）第十位乘客（后篇）◆

203（218）伊卡洛斯的黑色之翼（前篇）◆

204（219）伊卡洛斯的黑色之翼（后篇）◆

205（220）本厅刑事恋爱物语3（前篇）

206（221）本厅刑事恋爱物语3（后篇）

207（222）太顺利的推理◆

208（223~224）通往迷宫的入口巨大神像的愤怒★◆

209（225）龙神山坠崖事件◆

210（226）五彩传说的水中豪宅（前篇）◆

211（227）五彩传说的水中豪宅（后篇）◆

212（228）蘑菇、熊与侦探队（前篇）

213（229）蘑菇、熊与侦探队（后篇）

214（230）怀古饭店的神秘事件◆

215（231）复仇海滩（前篇）◆

216（232）复仇海滩（后篇）◆

217（233)目暮警官尘封的秘密（前篇）

218（234）目暮警官尘封的秘密（后篇）